(1)医药工业净化车间会经常使用到各种易燃易爆化学危险物品，且本身化学反应也有燃烧爆炸危险，如使用环氧乙烷、酒精、煤气活性镍、钯炭等极易引起燃烧的物品，制剂工艺灭菌工序中的火焰法和环氧乙烷法的火灾危险性都较大。
(2)建筑或装修材料采用易燃材料。由于洁净厂房需要特殊，加之很多新型复合材料的使用，而建设单位缺乏消防知识，有些选用了有机复合材料，或彩钢板加泡沫，增加了火灾荷载，这些材料燃烧后，又会产生大量的有毒气体。
(3)医药工业净化车间由于洁净无菌的工艺要求，密封性好，但易造成发生火灾后，有毒高温烟气不易及时扩散，甚至会使轰燃提前发生。
(4)人员入口不能满足疏散的要求。医药洁净厂房必须经过清洗、男(女)更衣、消毒等隔离间方可进入，且由于洁净无菌的要求，该疏散门不能采用向疏散方向开启的门，火灾时从入口疏散极为复杂和困难。
关于净化车间的消防安全要求如下
净化车间应进行专门设计，其主体建筑应为一、二级耐火等级;吊顶、分隔墙等构配件及保温、隔热、装饰材料，应尽量采用不燃材料或经过防火处理的材料。其他建筑改建为医药净化车间的，也应进行专门设计，并经公安消防部门审核。一般不得破坏原来的防火分隔，新用的保温、隔热、分隔等材料及装饰材料尽量不要采用可燃材料，如要使用的，应经过防火处理